正宗川菜也分三个派系，做法口味也各不同：
上河帮(蓉派，以成都和乐山菜为主)；其特点是小吃，亲民为主，比较清淡，传统菜品较多。蓉派川菜讲求用料精细准确，严格以传统经典菜谱为准，其味温和，绵香悠长。通常颇具典故。其名菜品有麻婆豆腐、回锅肉、宫保鸡丁、盐烧白、粉蒸肉、夫妻肺片、蚂蚁上树、灯影牛肉、蒜泥白肉、樟茶鸭子、白油豆腐、鱼香肉丝、泉水豆花、盐煎肉、干煸鳝片、东坡墨鱼、清蒸江团等。 
下河帮(渝派，以重庆和达州菜为主)；其特点是家常菜，亲民，比较麻辣，多创新。渝派川菜大方粗犷，以花样翻新迅速、用料大胆、不拘泥于材料著称，俗称江湖菜。大多起源于市民家庭厨房或路边小店，并逐渐在市民中流传。渝派川菜近几年来在全国范围内大受欢迎，不少的川菜馆主要菜品均为渝派川菜。其代表作有酸菜鱼、毛血旺、口水鸡、干菜炖烧系列（多以干豇豆为主）、辣子鸡、辣子田螺和辣子肥肠为代表的辣子系列、泉水鸡、烧鸡公、芋儿鸡和啤酒鸭为代表的干烧系列、泡椒鸡杂、泡椒鱿鱼和泡椒兔为代表的泡椒系列、干锅排骨和香辣虾为代表干锅系列等。风靡海内外的麻辣火锅（或称毛肚火锅、火锅）发源于重庆，因为其内涵已超出川菜的范围，通常被认为是一个独立的膳食体系而不被视作川菜的组成部分。 
小河帮(盐帮菜，以自贡和内江菜为主)；其特点是大气，怪异。自贡盐帮菜又分为盐商菜、盐工菜、会馆菜三大支系，以麻辣味、辛辣味、甜酸味为三大类别。盐帮菜以味厚、味重、味丰为其鲜明的特色。为注重和讲究调味。除具备川菜“百菜百味、烹调技法多样”的传统之外，更具有“味厚香浓、辣鲜刺激”的特点。盐帮菜善用椒姜，料广量重，选材精道，煎、煸、烧、炒，自成一格；煮、炖、炸、熘，各有章法。尤擅水煮与活渡，形成了区别于其他菜系的鲜明风味和品位。在盐帮菜的嬗变和演进中，积淀了一大批知名菜品，人见人爱，其中一些菜品更不胫而走，纳入了川菜大系，摆上了异地餐桌，清末盐商李琼圃撰著了《琼圃菜谱》，便记载了各色盐帮菜的烹饪要诀，惜已失传。盐帮菜的代表性菜品不下百种。这里仅列举其中部分：水煮牛肉、火鞭子牛肉、冷吃系列（大家熟知的冷吃兔牛肉鸡鸭蘑菇掌中宝……）、富顺豆花、火爆黄喉、牛佛烘肘、粉蒸牛肉(或名牛肉蒸笼) 、风萝卜蹄花汤 、芙蓉乌鱼片、无汁葱烧鲤鱼(又名“合浦还珠”) 、火爆毛肚、谢家黄凉粉、郑抄手、酸辣冲菜、李家湾退鳅鱼等。